紙マニフェストでは集計や報告書の作成が大変で、すぐに情報公開が出来ないなど問題がありました。このため、1998年12月に従来の複写式伝票（紙マニフェスト）に加えて、電子情報を活用する電子マニフェスト制度（電子マニフェスト）が導入されました。マニフェスト情報は、排出事業者がパソコンや携帯電話により登録・報告します。そして、第三者機関である情報処理センター（JWNET）がマニフェスト情報を管理・保存しています。このため、マニフェストの記載漏れや偽造がありません。